Le Centre a son siège à Ottawa et ses employés sont de nationalités diverses. Il a des bureaux régionaux qui desservent l'Asie (à Singapour et à New Delhi), l'Afrique de l'Est et l'Afrique australe (à Nairobi), l'Afrique de l'Ouest et l'Afrique du Centre (à Dakar), l'Amérique latine et les Caraïbes (à Montevideo) et le Moyen-Orient et l'Afrique du Nord (au Caire). Ces bureaux assurent la liaison entre le siège à Ottawa et les chercheurs et décideurs des pays en développement, invitent et collaborent à l'élaboration de propositions de recherche et suivent de près les projets exécutés sur leur territoire.

En vertu de sa loi constitutive, le Centre est dirigé par un Conseil de 21 gouverneurs, nommés par le gouvernement du Canada; le président, le vice-président et neuf des gouverneurs doivent être des ressortissants canadiens, les dix autres venant d'autres pays.

La présidente du Centre occupe le rang de sous-ministre et rend compte au Parlement par l'entremise du ministre désigné à cette fin par le gouverneur en conseil (il s'agit du ministre des Affaires étrangères à l'heure actuelle). Elle est secondée, pour veiller au bon fonctionnement du Centre, par le Comité de la haute direction, composé de gestionnaires supérieurs nommés par le Conseil des gouverneurs.

Bureau de la présidente
Le Bureau de la présidente appuie le travail de la présidente du Centre et celui du Conseil des gouverneurs et offre un vaste éventail de services institutionnels (conseil juridique, vérification, communications, entre autres).

Direction générale des programmes et des partenariats (DGPP)
La Direction générale des programmes et des partenariats est chargée du programme d'aide à la recherche du Centre, établi en fonction des problèmes de développement et des connaissances nécessaires pour les résoudre.

Direction générale des ressources (DGR)
La Direction générale des ressources apporte le soutien administratif nécessaire à l'exécution des activités du Centre.